EnglishFacturation Shopify et WooCommerce : le circuit complet de la facture électronique
Shopify et WooCommerce ne produisent pas de factures conformes par défaut, et la réforme de 2026-2027 ajoute l'e-reporting et la facture électronique. Voici le circuit d'une commande, de la boutique à l'administration.
Vous vendez sur Shopify ou WooCommerce, vos commandes tombent, vos colis partent. Côté facturation, la plupart des boutiques s’en sortent avec une application qui génère un PDF, ou avec l’email de confirmation de commande. Ce bricolage suffisait tant que la facture restait un document envoyé au client. Avec la réforme de la facturation électronique, les données de chaque vente devront remonter à l’administration à partir de septembre 2027, en passant par une plateforme agréée, et ce circuit part de votre boutique.
Ce guide suit une commande du panier jusqu’à l’administration fiscale. Il part de ce que Shopify et WooCommerce savent faire en matière de factures, puis détaille ce que la réforme demande à une boutique en ligne selon que le client est un particulier ou une entreprise.
Ce que Shopify et WooCommerce font vraiment en matière de factures
Shopify et WooCommerce sont conçus pour vendre, et la facturation y reste une fonction annexe.
Sur Shopify, le client reçoit un email de confirmation de commande. Ce récapitulatif ne vaut pas facture : il ne porte pas forcément vos mentions légales, et il n’est pas numéroté selon une séquence de facturation. Pour produire une facture, il faut passer par une application. Shopify propose Order Printer, gratuite, qui transforme une commande en document imprimable à partir d’un modèle que vous personnalisez. D’autres applications vont plus loin (envoi automatique, téléchargement depuis l’espace client, gestion de la TVA européenne). Nous en avons comparé quelques-unes dans notre sélection des meilleures applications Shopify.
Sur WooCommerce, c’est le même principe : aucune facture n’est générée par défaut, il faut ajouter une extension PDF. Notre article sur le logiciel de facturation pour WooCommerce détaille les options.
Ces outils produisent un document présentable. Les difficultés apparaissent ailleurs, à commencer par la numérotation : une facture doit porter un numéro unique, attribué selon une séquence chronologique et continue. Le numéro de commande Shopify (#1001, #1002…) n’est pas conçu pour ça : une commande annulée garde son numéro, et si vous vendez aussi sur Amazon ou par Stripe, chaque canal a sa propre séquence. Le guide sur le numéro de facture revient sur les règles.
Viennent ensuite les remboursements. Une facture émise ne se modifie pas et ne se supprime pas. Un retour, un remboursement partiel ou un geste commercial doit donner lieu à un avoir qui fait référence à la facture d’origine. Beaucoup d’applications PDF ne gèrent pas ce cas, ou le laissent à faire à la main.
Reste la TVA : dès que vous vendez à des particuliers dans d’autres pays de l’Union européenne au-delà de 10 000 € par an, la TVA du pays du client s’applique. La facture doit alors afficher le bon taux, et vos déclarations OSS doivent correspondre à vos factures.
Côté client particulier, la loi n’exige pas une facture pour chaque vente de biens, mais le client peut la demander et la plupart des boutiques en envoient une à chaque commande. C’est aussi la base de votre comptabilité : sans factures propres, votre livre des recettes et vos déclarations reposent sur des exports de commandes à retraiter.
Ce que la réforme change pour une boutique en ligne
La réforme de la facturation électronique ne traite pas toutes vos ventes de la même façon. Elle distingue trois flux, avec chacun son calendrier.
Vos ventes aux particuliers (en France comme à l’étranger) et vos ventes à des professionnels établis hors de France relèvent de l’e-reporting. Vous continuez à envoyer vos factures à vos clients comme aujourd’hui. En parallèle, les données de ces ventes (montants, taux de TVA, période) sont transmises à l’administration, à un rythme qui dépend de votre régime de TVA. Pour la plupart des boutiques Shopify, c’est le volet principal de la réforme.
Vos ventes à des professionnels français passent par la facture électronique proprement dite. La facture ne part plus en PDF par email : elle est émise dans un format structuré (Factur-X, UBL ou CII) et acheminée de plateforme à plateforme jusqu’à votre client, tandis que l’administration en reçoit les données. Un revendeur qui vous commande un réassort ou une entreprise qui achète des cadeaux clients entrent dans ce cas.
Vos achats auprès de fournisseurs français arrivent désormais sous forme de factures électroniques. Ce volet réception est en vigueur depuis le 1er septembre 2026 pour toutes les entreprises, micro-entreprises comprises.
Les dates à retenir :
| Date | Obligation | Qui est concerné |
|---|---|---|
| 1er septembre 2026 | Recevoir les factures électroniques | Toutes les entreprises assujetties à la TVA |
| 1er septembre 2026 | Émettre des factures électroniques et transmettre l’e-reporting | Grandes entreprises et ETI |
| 1er septembre 2027 | Émettre des factures électroniques et transmettre l’e-reporting | PME, TPE et micro-entreprises |
Le passage par une plateforme agréée (anciennement appelée PDP, plateforme de dématérialisation partenaire) est obligatoire pour les trois flux. C’est elle qui reçoit vos factures fournisseurs, émet vos factures électroniques et transmet votre e-reporting. Si ces termes sont nouveaux pour vous, notre lexique de la réforme les définit un par un, et le guide complet de la facturation électronique pour auto-entrepreneur détaille le calendrier et les nouvelles mentions.
Le régime de la franchise en base de TVA ne vous dispense pas de la réforme : une micro-entreprise qui ne facture pas de TVA reste concernée par la réception, l’émission et l’e-reporting. Le cas est traité dans notre article sur la facture électronique en franchise de TVA.
Le circuit d’une commande, étape par étape
Voici ce que devient une commande passée sur votre boutique, une fois la réforme en place.
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Votre logiciel de facturation se connecte à Shopify, WooCommerce ou votre marketplace et récupère la commande avec son détail : produits, prix, frais de port, remises, adresse de livraison, pays du client. Vous choisissez à quel moment la facture est créée : à la commande, au paiement ou à l’expédition.
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La facture reçoit un numéro dans une séquence unique, tous canaux confondus. La TVA est calculée selon le pays du client et le type de produit (physique, numérique, service), et les mentions obligatoires sont ajoutées, y compris les nouvelles mentions de la réforme comme le SIREN du client professionnel ou la nature de l’opération.
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Le circuit se sépare ensuite selon le client. Un particulier ou une entreprise étrangère reçoit sa facture par email ou dans son espace client, et la vente entre dans les données d’e-reporting. Si c’est une entreprise française, la facture part en format électronique vers la plateforme agréée : l’annuaire central, consulté grâce au SIREN du client, indique à quelle plateforme la livrer.
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Votre plateforme agréée transmet les données de facturation (pour les ventes aux professionnels français) et les données d’e-reporting (pour le reste). Vous n’avez pas de formulaire supplémentaire à remplir.
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En cas de remboursement, le retour d’un client déclenche un avoir lié à la facture d’origine. Si le client est un professionnel français, l’avoir est lui aussi une facture électronique. S’il s’agit d’un particulier, l’avoir vient corriger les montants transmis en e-reporting.
Tout ce que l’administration va recevoir existe déjà dans votre boutique. La réforme exige que ces ventes soient facturées avec une numérotation correcte, puis transmises au bon format. Une boutique qui génère ses factures avec une application PDF et exporte ses commandes dans un tableur à la fin du mois aura du mal à alimenter ce circuit.
Les points qui coincent sur une boutique Shopify ou WooCommerce
Sur le terrain, les vendeurs en ligne butent surtout sur les situations suivantes.
Repérer les clients professionnels
Sur une boutique grand public, rien ne distingue par défaut un particulier d’une entreprise. Or c’est ce qui décide du circuit. Il faut donc collecter l’information au moment de la commande : le champ « Société » du checkout, un champ SIREN personnalisé, ou les fonctions B2B de Shopify selon votre abonnement. Sur WooCommerce, le champ « Nom de l’entreprise » existe dans le formulaire de facturation, et une extension permet d’ajouter le SIREN ou le numéro de TVA intracommunautaire. Sans SIREN, une facture à un professionnel français ne peut pas être acheminée.
Gérer les retours et les remboursements
Un vendeur en ligne rembourse beaucoup plus souvent qu’un prestataire de services : retours sous 14 jours, colis perdus, remboursements partiels. Chacun de ces cas appelle un avoir. Si vos remboursements sont faits dans Shopify et vos avoirs à la main dans un autre outil, les écarts s’accumulent vite. Les règles de rédaction sont rappelées dans notre article pour faire un avoir.
Vendre sur plusieurs canaux
Une boutique Shopify, un compte Amazon, quelques ventes par lien de paiement Stripe : trois sources de commandes, trois logiques de numérotation. Pour l’administration, il n’y a qu’une entreprise, avec une seule séquence de factures et un seul e-reporting. Centraliser toutes les ventes dans un même outil de facturation est le moyen le plus simple d’y arriver.
Vendre dans d’autres pays de l’UE
Les ventes à des particuliers européens relèvent de l’e-reporting côté réforme, et du guichet unique OSS côté TVA dès que vous dépassez le seuil de 10 000 € par an. Les deux déclarations coexistent et doivent concorder. Notre page sur l’OSS et l’IOSS résume le fonctionnement du guichet unique.
Choisir le bon moment de facturation
Facturer à la commande, au paiement ou à l’expédition n’a pas les mêmes conséquences. Une commande facturée à la création puis annulée avant paiement vous oblige à émettre un avoir. Facturer au paiement ou à l’expédition limite ces allers-retours, à condition que le réglage soit le même sur tous vos canaux.
Application de factures ou logiciel de facturation connecté
Une application qui génère des factures PDF depuis Shopify permet d’envoyer un document propre au client. D’ici septembre 2027, votre outil devra aussi transmettre vos données à une plateforme agréée. Avant de choisir, vérifiez ces points.
| Question à poser | Pourquoi c’est important |
|---|---|
| L’outil est-il raccordé à une plateforme agréée ? | Sans plateforme, pas d’émission électronique ni d’e-reporting |
| Récupère-t-il aussi les remboursements ? | Chaque remboursement doit produire un avoir |
| Centralise-t-il plusieurs canaux de vente ? | Une seule numérotation pour Shopify, WooCommerce, Amazon, Stripe |
| Calcule-t-il la TVA selon le pays du client ? | Indispensable dès que vous vendez hors de France |
| Permet-il de recevoir les factures fournisseurs ? | Obligatoire depuis le 1er septembre 2026 |
| Exporte-t-il vers votre comptabilité ? | Livre des recettes, export FEC, pièces pour l’expert-comptable |
Si votre outil actuel répond non aux deux premières questions, vous avez un an pour changer d’organisation. Si vous faites du dropshipping, notre article sur la facturation Shopify en dropshipping rappelle en plus les règles de TVA des marchandises importées.
Préparer votre boutique d’ici septembre 2027
- Choisissez votre plateforme agréée, directement ou via votre logiciel de facturation. C’est déjà nécessaire pour recevoir les factures de vos fournisseurs français.
- Centralisez les ventes de tous les canaux dans un seul outil, avec une numérotation unique et des factures créées automatiquement.
- Pour identifier vos clients professionnels, ajoutez un champ SIREN ou société au checkout, et complétez les fiches de vos clients pro réguliers.
- Automatisez les avoirs pour que chaque remboursement Shopify ou WooCommerce produise un avoir lié à sa facture.
- Vérifiez votre TVA : taux par pays, seuil de 10 000 € pour l’OSS, cohérence entre factures et déclarations.
En vous y mettant cet automne, vous pourrez tester le circuit sur de vraies commandes pendant plusieurs mois avant que l’e-reporting ne devienne obligatoire.
Questions fréquentes
Shopify génère-t-il des factures électroniques conformes ?
Non. Shopify fournit un récapitulatif de commande et, via des applications, des factures PDF. Une facture électronique au sens de la réforme doit être émise dans un format structuré et transmise par une plateforme agréée. Il faut donc un outil de facturation raccordé à une plateforme.
Mes ventes à des particuliers doivent-elles passer en facture électronique ?
Non. Les ventes aux particuliers relèvent de l’e-reporting : vous transmettez les données de vente à l’administration via votre plateforme, et votre client reçoit sa facture comme aujourd’hui.
Je suis micro-entrepreneur en franchise de TVA, suis-je concerné ?
Oui. Depuis le 1er septembre 2026, vous devez pouvoir recevoir des factures électroniques. À partir du 1er septembre 2027, vous devrez émettre des factures électroniques pour vos clients professionnels français et transmettre l’e-reporting pour vos autres ventes.
Que se passe-t-il pour une commande remboursée ?
Vous émettez un avoir qui fait référence à la facture d’origine. Pour un client professionnel français, cet avoir suit le circuit de la facture électronique. Pour un particulier, il corrige les données transmises en e-reporting.
Automatiser la facturation de votre boutique
Bizyness se connecte à Shopify, à WooCommerce, à Amazon, à Stripe et à PayPal pour récupérer vos commandes, paiements et remboursements. Les factures et les avoirs sont créés automatiquement avec une numérotation unique, la TVA est calculée selon le pays du client, OSS compris, et Bizyness s’appuie sur une plateforme agréée partenaire pour la facturation électronique et l’e-reporting. Toutes les fonctionnalités sont incluses dans chaque plan.
